Lúc sinh thời, Vân Quang Long là người khá kín tiếng về đời sống tình cảm. Nam ca sĩ từng lập gia đình và có 2 con: một con gái tên Lê Trác Kỳ (sinh năm 2007) và một con trai tên Lê Trác Hy (sinh năm 2012). Vợ cũ của anh tên Ái Vân (sinh năm 1982), là nha sĩ nổi tiếng tại Thành phố Hồ Chí Minh. Hai người là bạn thanh mai trúc mã của nhau và đã trải qua suốt thời niên thiếu và thanh xuân bên nhau. Vân Quang Long quen Ái Vân khi cô học lớp 7 còn anh lớp 11, hai người cùng chung đội tuyển học sinh giỏi trường chuyên Trung học phổ thông Nguyễn Đình Chiểu, cô cũng là học trò của mẹ anh. Năm 2002, họ quyết định đăng ký kết hôn ở độ tuổi còn rất trẻ, nhưng tại thời điểm đó anh đang trên đỉnh cao sự nghiệp, nên hai người thống nhất chỉ đăng ký kết hôn trong âm thầm chứ không thông báo rộng rãi.[7] Tuy nhiên, cuộc hôn nhân của họ đã gặp trắc trở sau 13 năm sống chung. Năm 2015, cả hai chính thức ly hôn, sau đó anh sống chung với người phụ nữ tên Linh Lan (sinh năm 1989), có nghề nghiệp không ổn định, họ có một con gái chung (sinh năm 2018), nhưng không có hôn thú.[8]